בשלהי התקופה העותומנית הסתובבו בירושלים יתומים במספר גדול יחסית שננטשו בגלל עוני ומגפות. המסיון ראה בזה הזדמנות לפרוס את חסותו עליהם. הקהילה הספרדית שכרה דירות בעיר העתיקה כדי לשכן אותם ולתת להם חינוך והכשרה מקצועית. בשנת 1904 פנה הרב יעקב מאיר, לימים הראשון לציון, למשפחות בורוכוף ויששכרוף כדי שיתרמו כסף להקמת בית יתומים ואכן המוסד הוקם ונחנך בשנת 1908. לתפעולו הוקמה קרן להחזקת הבית וכן נשלחו שד”רים לאיסוף כספים עבורו בחו”ל.