הכנסייה היוונית אורתודוקסית נמצאת בלב המנזר במרכז העיר העתיקה. ישנם הגורסים כי היא  נוסדה כנראה במאה התשיעית בפקודת קיסרית ביזנטיון, אירנה. בשנת 1835 נערך במקום שיפוץ על ידי הפטריארכיה היוונית אורתודוקסית בירושלים, והכנסייה קיבלה את צורתה הנוכחית. הכניסה לתחום הכנסייה היא דרך שער מתכת קטן, סמוך למסעדת חליל. 
הכניסה בתיאום מראש וכרוכה בתשלום.