המרכז הלוגיסטי של הגינות הקהילתיות ממוקם בתוך הגינה הקהילתית במוזיאון הטבע. הוא מכיל מחסן ציוד וכלים, חממה ומשתלה ולכאן מגיעים הפעילים מכל רחבי העיר לאסוף ציוד השקיה, כלי עבודה, וצמחים לגינותיהם.